Penyelenggaraan FETP (Field Epidemiology Training Program) di Indonesia dimulai pada tahun 1982. Pada saat itu, pengelolaan FETP dilakukan oleh Direktorat Jendral Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Menular (Ditjen P3M) Departemen Kesehatan RI, yang sekarang bernama Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan (Ditjen PP&PL). Berdirinya FETP di Indonesia didukung oleh Centers for Disease Control and Prevention (CDC) yang bermarkas di Atlanta, Georgia, Amerika Serikat. Untuk membantu membidani lahirnya FETP di Indonesia, CDC telah mengirimkan 2 orang stafnya yakni Dr. Douglas N. Cloucky dan Dr. Robert Bernstein. Keduanya bertugas di FETP Indonesia selama lebih kurang 8 tahun, yakni sampai tahun 1990.
Program FETP di Indonesia ini adalah suatu program magang (internship program) yang mempunyai masa studi selama 2 tahun. Jumlah mahasiswa per angkatan adalah sekitar 5 – 6 orang, yang kebanyakan dokter dan sarjana kesehatan masyarakat (SKM). Para karyasiswa mendapat beasiswa dari WHO. Setelah menyelenggarakan 4 angkatan, yakni sampai tahun 1985, dirasakan bahwa minat calon karyasiswa untuk mengikuti pendidikan di FETP sangat rendah. Hal ini sangat dimaklumi mengingat pendidikan FETP di Indonesia waktu itu tidak memberikan gelar strata dua. Untuk mengantisipasi hal itu, Direktorat Jenderal P3M kemudian melakukan kerjasama dengan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia (FKM UI) untuk menyelenggarakan pendidikan FETP, dengan gelar setingkat strata dua. Untuk memperluas daya tampung, pada tahun 1990, Direktorat Jenderal P3M juga melakukan kerjasama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada (FK UGM) di Yogyakarta, untuk menyelenggarakan pendidikan FETP. Dalam penyelenggaraan kerjasama ini, FKM UI dan FK UGM melaksanakan kegiatan akademis untuk mencapai kompetensi yang telah ditetapkan oleh Direktorat Jendral P3M, termasuk teknis pembelajaran, yang mempunyai komposisi 1 semester di kelas (kampus) dan diikuti 3 semester kegiatan lapangan. Sekitar tahun 1995, bantuan dana beasiswa dari WHO yang dialirkan melalui Ditjen P3M dihentikan, oleh karena itu, Ditjen P3M tidak lagi mempunyai kendali terhadap proses pembelajaran FETP di FKM UI dan FK UGM. Akan tetapi, mengingat pentingnya profesi epidemiolog lapangan (field epidemiologists) bagi pembangunan kesehatan di Indonesia, FKM UI dan FK UGM tetap melaksanakan pendidikan FETP hingga saat ini. Bahkan, pada tahun 1999 – 2000, Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga juga menyelenggarakan FETP. Pada tahun 1997 – 2002, Direktorat Jenderal P3M melaksanakan proyek yang bernama Intensified Communicable Disease Control (ICDC) yang dilaksanakan dengan dana pinjaman dari Asian Development Bank (Bank Pembangunan Asia). Salah satu komponen proyek tersebut adalah pendidikan ahli epidemiologi lapangan setingkat strata dua. Mengingat FKM UI dan FK UGM tidak mampu memenuhi kebutuhan jumlah lulusan FETP seperti yang diminta oleh proyek ICDC, maka FK Unair diminta oleh Ditjen P3M untuk terlibat dalam pendidikan FETP ini.
Pada tahun 2007, Departemen Kesehatan RI, melalui Direktorat Jendral Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan (Ditjen P2PL) menginisiasi suatu program untuk merevitalisasi FETP di Indonesia, dengan dukungan dari WHO Indonesia Office. Program ini bertujuan untuk mengembalikan pendidikan FETP kepada khittahnya, yakni saat dibentuk pada tahun 1982, serta meningkatkan mutu lulusan, sesuai kompetensi yang diakui secara internasional. Langkah pertama yang dilakukan adalah melakukan assessment terhadap penyelenggaraan FETP di Indonesia (FKM UI dan FK UGM) yang dilakukan oleh reviewer eksternal yang berasal dari CDC Atlanta dan FETP Australia. Langkah berkutnya adalah melakukan koordinasi antara Ditjen P2PL, FKM UI, dan FK UGM untuk melakukan dan meningkatkan sistem rekrutmen, proses pendidikan, dan kegiatan supervisi yang lebih sistematik dan berkualitas. Diharapkan, secara kuantitatif, dalam jangka pendek, seluruh program kesehatan masyarakat di Departemen Kesehatan RI memiliki lulusan FETP, dan dalam jangka panjang, seluruh dinas kesehatan kabupaten/kota, dinas kesehatan propinsi, serta unit-unit pelaksana teknis terkait memiliki lulusan FETP. Secara kualitatif, diharapkan para lulusan FETP Indonesia mampu berperan dalam upaya-upaya kesehatan masyarakat baik di tingkat nasional maupun di tingkat internasional.
